Nach der Serie der überdurchschnittlich warmen Sommermonate zeigte sich der September insgesamt kälter als im Durchschnitt. Einer feuchtwarmen, gewitterträchtigen Südwindlage zum Monatsbeginn folgten rasch kältere Nordost- und Ostwindlagen. Infolgedessen stand einer spätsommerlich warmen ersten Dekade eine deutlich kühlere Witterungsperiode in der zweiten Monatshälfte gegenüber. Dabei gab es erste Nachtfröste bis in die Täler und in den Alpen den ersten Schnee bis in Lagen um 1500 Meter Höhe herab.

Die wärmsten Tage des Monats traten im ersten Septemberdrittel auf. So gab es zum Beispiel in Regensburg am 6. September mit 30,4 Grad nochmals einen Tropentag. Um die Monatsmitte kühlte es von Nordosten her ebenso rasch wie markant ab. Am kältesten wurde es mit minus 2,5 Grad am 18. September in Plauen im Vogtland, am Erdboden lag die Tiefsttemperatur sogar bei minus 5 Grad. Eine altweibersommerähnliche Lage verwöhnte zum letzten Septemberwochenende noch einmal alle Sonnenliebhaber.

Die mittlere Temperatur des Monats reichte im Norden von 13 bis 14,5 Grad und entsprach damit dem klimatologischen Mittel. Dagegen war der September in der Südhälfte mit Werten von 11 bis knapp 14 Grad gegenüber dem von 1961 bis 1990 reichenden Bezugszeitraum kälter. Während die Abweichungen in Breitenlage der Mittelgebirgsschwelle nur im Zehntelbereich und somit völlig im Rahmen der gewöhnlichen Schwankungen lagen, reichten die Differenzwerte im Süden bis zu 2,5 Grad im Breisgau und fielen damit signifikant aus.

Der September war im deutschlandweiten Mittel trocken, was u.a. die insgesamt niedrigen Flusspegel zum Monatsende belegen. In Küstennähe fielen lediglich etwa 20 bis 40 Liter Regen, das sind nur 30 bis 50 Prozent der durchschnittlichen Mengen. Dagegen gehörte der Brocken im Harz mit einer Gesamtsumme von über 125 Liter Regen pro Quadratmeter mit zu den nassesten Stationen. Zu vielerorts überdurchschnittlichen Niederschlagsmengen führten unter Tiefdruckeinfluss stehende Nordostwindlagen besonders im Osten und in den Mittelgebirgen.

Die Zahl der Sonnenstunden reichte in weiten Landesteilen von 110 bis 150 und fiel damit besonders zwischen der Donau und dem östlichen Mittelgebirgsraum unterdurchschnittlich aus. Die höheren Werte beziehen sich generell auf den Norden sowie auf das Bodenseeumfeld und die Zugspitze, die niedrigeren auf die Regionen vom Vogtland bis zum Alpenvorland.